他の如来や菩薩、明王など全ての仏は大日如来の化身とされています。 梵語名はヴァイローチャナ。宇宙の中心であり、宇宙の真理そのものであると考えられています。
　大日如来の描かれ方には、悟りへの道筋を表す金剛界と慈悲の広がりを表す胎蔵界の二つがあり、 講堂立体曼荼羅で描かれている世界観は金剛界のものです。
　金剛界の大日如来は、智拳印（左手親指を中に入れて人差し指を立てた拳をつくり、 立てた人差し指の二節から上を右手の拳で握り込む形。「最高の智」を表します。 智賢印・智剣印と記される場合もあります。）を結んでいます。
　胎蔵界では、法界定印（両手のひらを上向に、左手の上に右手の甲を重ね、 両方の親指を軽く触れ合わせる形。「最高の悟り」を表します。）を結んでいます。
　五智如来の内、この大日如来だけが、五智宝冠と呼ばれる冠をかぶっています。 蓮華座に結跏趺坐し、瓔珞（ようらく）、臂釧（ひせん）、腕釧（わんせん）を身につけています。
講堂の大日如来像は文明十八年（1486）の土一揆の争いで焼失し、明応六年（1497）に再建されました。
五智如来すべて、同様に焼失再建されており、すべてが重要文化財に指定されています。